右殻（茶色）を取り除いたところ。
(99.01.27)
貝柱は貝殻を閉じる閉殻筋のことです。二枚貝は普通、前側と後側に二つの貝柱を持っていますが、ホタテガイは付着生活に入る時期に前側の閉殻筋が退化し、後側の閉殻筋が中央部に移り、大型の貝柱として存在します。ホタテガイが貝殻を開閉し、海中を移動できるのは、この巨大な貝柱のおかげです。また、貝柱の側面には貝の開閉運動を補足する小柱があります。
貝殻接続部の近くにあり濃緑色をしています。これは、胃・肝臓の役目を果たしており、捕食した餌は、中腸腺から生殖巣の内部を循環する消化腺を通り、小柱の側面につながる肛門から排泄されます。ホタテガイが餌としているプランクトンによって毒化した場合、この部分に特異的に貝毒が蓄積されます。貝毒の詳細は＜ほたての貝毒１＞を参照。
ホタテガイ軟体部は、うすい透明な膜でおおわれており、これを外套膜といいます。外縁部では肉厚の約１cm幅の紐状となっており、貝殻を作る貝殻分泌突起や触手、目があります。
外套膜を１枚取り除いたところ。
(99.01.27)
ホタテガイの心臓は一心房二心室からなり、動脈と静脈が通っています。血液は無色透明です。
外套膜の上に黒く点在しています。レンズや網膜などがあり、高等動物に匹敵するほど発達していますが、実際は光を感じる事しかできないようです。
外套膜の下にあって貝柱から外縁部に向けて放射状に存在し、淡褐色をしています。海水中から、餌や酸素を取り込んだり、二酸化炭素を放出する働きをしています。
エラを取り除いたところ。
(99.01.27)
ホタテガイの仲間は通常雌雄同体ですが、日本のホタテガイは雌雄異体です。貝柱の片側にあって、３〜４月の産卵に向けて１〜２月より大きくなります。この時期には、雄の精巣は白く、雌の卵巣は赤く色が付いているので、肉眼で雄・雌の区別ができます。